В рамках проекта Программы развития Организации Объединённых Наций 17 июня 2013 года на территории Алматинского государственного природного заповедника были заложены 10 наблюдательных площадок для индикаторных видов растений по проекту «Разработка и внедрение информационной системы по мониторингу биоразнообразия в пилотных особо охраняемых природных территориях Республики Казахстан». Площадь каждой мониторинговой площадки составляет 10х10 метров.
В рамках мониторинга ведется наблюдение за 14 индикаторными видами растений. Это: можжевельник ложноказацкий, ель Шренка, осина обыкновенная, береза Тяньшаньская, абрикос обыкновенный, яблоня Сиверса, шиповник собачий, полынь сантолинолистная, полынь эстрагон, недотрога мелкоцветковая, репешок азиатский, овсяница Крылова, душица обыкновенная, малина обыкновенная. С апреля по октябрь научными сотрудники проводят мониторинг индикаторных видов растений, расположенных на этих наблюдательных площадках. Собранные данные обрабатываются и вносятся в центральную научную базу данных.
Основная цель мониторинга – это проведение непрерывного наблюдения за индикаторными видами растений, оценка их состояния и усиление мер по их охране.